Au XVIe siècle, à cause de la forte pression hongroise en Transylvanie et grâce au reflux des hordes tatares qui rétablit la sécurité dans les plaines danubiennes, une partie de la population roumaine de Transylvanie redescend vers le Danube et la Mer Noire. Sous l'autorité des voïvodes se forment les principautés de Valachie (avec Radu Negru, puis Basarab) et de Moldavie (avec Dragos et Bogdan) et ils se libèrent de leurs statuts de fiefs hongrois pour devenir indépendants à la fin du XIVe siècle. Ces principautés s'organisent pratiquement autour de leurs princes et de leurs assemblées d'Etat, composées de boyards, du clergé et parfois de paysans libres, ainsi que de marchands.

Ces premières formes étatiques et leur avenir sont mis en danger par l'invasion ottomane.
De la fin des XIVe siècle jusqu'au début du XVIe siècle, nous sommes en présence de la résistance face aux Ottomans, organisée par Micea cel Batran (Mircea le Vieux) en Valachie et Stefan cel Mare (Étienne le Grand) en Moldavie. La vassalité n'a pas été aussi pesante pour les pays roumains que pour les autres peuples balkaniques. Contre le paiement du tribut les principautés conservent une certaine autonomie sous leurs princes autochtones et la possibilité de poursuivre leur développement culturel (important au XVIe et XVIIe siècles), à l'abri de l'islamisation forcée ou des bouleversements démographiques pratiqués ailleurs. Les princes établissent leurs capitales (Bucarest pour la Valachie et Iasi pour la Moldavie) et bâttissent des églises et des monastères.

L'Eglise roumaine commence à affirmer son autonomie : en 1359, un siège métropolitain est crée à Curtea de Arges, les textes sacrés commencent à être traduits en roumain.
Les princes ouvrent des écoles, des imprimeries. Le XVIIe siècle connaît la rédaction des premières grandes chroniques en langue roumaine, et des oeuvres historiques majeurs, rédigé en latin (par Dimitrie Cantemir).

La Transylvanie connaît, depuis le milieu du XVe siècle, un essor analogue, même si la population roumaine ne fait pas partie des nations reconnues. Le voïvode d'ascendance roumaine Iancu de Hunedoara résiste aussi aux Ottomans 1440 à 1556. Suite à l'effondrement hongrois à Mohacs en 1526 la Transylvanie devient à son tour une principauté vassale du sultan. Culturellement, la Transylvanie et plutôt orientée vers l'Occident. La réforme, calviniste, luthérienne et antitrinitarienne rencontrera un vif succès, surtout auprès de Saxons et de Sicules. Mais les liens avec les autres pays roumains ne sont jamais coupés. Mihai Viteazul (Michel le Brave, 1593-1601). Le prince de Valachie, a réalisé l'union, de courte durée, des trois principautés roumaines, prenant le titre de "prince de Munténie, de Transylvanie et de Moldavie". Devenu symbole de l'unité nationale, il réveille la conscience roumaine ; les générations suivantes ont adopté l'idée d'un Etat unitaire et indépendant roumain sur le espace de l'ancienne Dacie.
Le XVIIIe siècle enregistre la tentative du prince valaque Constantin Bracoveanu et du moldave Dimitrie Cantemir de se libérer de la domination ottomane avec l'aide de Pierre Le Grand.

L'échec de cette manoeuvre se soldera avec l'instauration, à partir de 1711, de hospodars grecs du Phanar à la place des princes indigènes. Privés de toute souveraineté externe, ils ont un pouvoir quasi absolu sur leurs sujets. L'hellénisme a influencé la vie culturelle et religieuse. Socialement, Constantin Mavrocordat a affranchit les serfs en 1746, mais les paysans n'ont pas vu leur sort s'améliorer, car les corvées imposées par les boyards sont de plus en plus lourdes, proportionnelles au progrès économique et à l'extension des marchés agricoles.La Transylvanie elle, annexée en 1691 par les Habsbourgs (l'annexion devient définitive en 1711), est rattachée directement à Vienne. Malgré l'abolition du servage par Joseph II, la paysannerie roumaine reste opprimée et misérable.
D'une manière globale, les pays roumains sont confrontés à de sérieuses menaces extérieures : la Russie tsariste et l'Autriche, l'Empire ottoman étant lui en déclin. En 1775 l'Autriche annexe la Bucovine. La Russie avance progressivement sa frontière jusqu'au Dniestr en 1791. En 1812 l'Empire tsariste dans son expansion annexe la Bessarabie, partie de la principauté de Moldavie.
Toutes ces périodes de crise de l'histoire des principautés contribuent, fin du XVIIIe et début du XIXe siècle, à la formation de la conscience nationale roumaine. L'hellénisation des élites de Valachie et de Moldavie permet le contact de celles-ci avec la culture néo-byzantine mais surtout avec les Lumières, qui réveillent l'intérêt pour la langue et l'histoire nationales. Les roumains découvrent leurs origines dans l'héritage daco-romain. La notion d'une communauté territoriale, économique, linguistique et culturelle existe de part et d'autre des Carpates. Toutes les institutions culturelles de Valachie, de Moldavie et de Transylvanie s'emploient à répandre cette notion dans des milieux de plus en plus larges.

C'est en Valachie que se déroule la première tentative de libération nationale en 1821. Dans le contexte général d'un Empire ottoman affaibli, l'Hétairie, une société secrète, nourrit le rêve d'une insurrection générale des peuples balkaniques, la fin de la domination ottomane pour un retour du prestige de Byzance. Mais Tudor Vladimirescu déclenche une révolte purement sociale et nationale, son armée de paysans entre dans Bucarest et s'en prends plutôt aux régime phanariote et aux boyards. Cette insurrection conduira au traité d'Andrinople en 1829, la Russie obtient ainsi le droit d'occuper les principautés ; elle leur donnera le "Règlement Organique" du général Kisselev. Les principautés auront une autonomie interne, un prince nommé en commun par le tsar, le sultan et une assemblée de boyards (par ailleurs les droits des grands propriétaires fonciers ont été rétablis). Avec les nouveaux princes indigènes, la suppression du monopole turc, sur les exportations et l'abolition des barrières douanières, les principautés connaissent une certaine prospérité économique, l'essor intellectuel se poursuit. La gravité des problèmes agraires, ajoutée à la réalité d'un double protectorat entretient le mécontentement, manifesté à l'intérieur par des sociétés secrètes et à l'extérieur par le biais des étudiants roumains à Paris.
Le printemps de 1848 aura à un écho profond dans les principautés. La Moldavie ne connaît pas de heurts graves mais en Valachie les libéraux exigent l'égalité civile et l'indépendance.

Le prince Bibescu est forcé à constituer un gouvernement provisoire, mais la désunion au sein de ce gouvernement permettra aux Turcs de rétablir l'ordre par la force.

La particularité de la Transylvanie réside dans l'égale participation des facteurs nationaux et sociaux. Les intellectuels s'appuient sur le mouvement paysan. L'assemblée populaire de Blaj réclame l'autonomie nationale et religieuse mais aussi le droit à la terre. L'échec vient ici du désaccord entre patriotes hongrois souhaitant le rattachement de la Transylvanie à la Hongrie et patriote roumains exigeant l'autonomie au sein de l'empire.
Jusqu'à la guerre de Crimée, les proscrits roumains (révolutionnaires de 1848) se font les avocats de la Roumanie à l'étranger. Le traité de Paris de 1856 mettant un terme à la guerre russo-turque est significatif pour les roumains car il les place sous la protection collective des puissances et oblige la Russie à rétrocéder le sud de la Bessarabie.